Шарль Бовари, едва приступивший к лекарской практике, получает вызов на ферму некоего Руо, дочь пострадавшего Эмма сразу же производит на молодого человека неизгладимое впечатление своей притягательной внешностью и изящными манерами, девушка не так давно закончила обучение в монастыре. Шарль, несмотря на молодые годы, уже состоит в браке с вдовой существенно старше его, которую ему из корыстных соображений сосватала мать.
Супруга Шарля ревнует к общению мужа с этой девушкой, постоянно упрекая его в равнодушии к ней и в желании изменить. Но вскоре эта женщина внезапно уходит из жизни, и Бовари почти сразу же берет в жены Эмму Руо.
Став госпожой Бовари, Эмма становится превосходной хозяйкой, и Шарль буквально боготворит свою супругу, более ничего в жизни, кроме обретенного семейного счастья, его не интересует. В то же время его жена отнюдь не чувствует себя счастливой, Эмма ощущает, что к ней вовсе не пришла та удивительная, романтическая любовь, о которой она любила читать в книгах, являясь воспитанницей монастыря.
Реальная жизнь в отдаленном уголке оказывается совсем не такой, как себе прежде представляла девушка, а добрый, беспредельно преданный ей и трудолюбивый муж совсем не напоминает героев рыцарских романов, Эмма испытывает глубочайшее разочарование.
Молодая женщина все больше тоскует и страдает, что сказывается и на состоянии ее здоровья. Встревоженный Шарль решает, что ей необходимо сменить климат, и семья перебирается в небольшой городок близ Руана, в это время Эмма уже знает о том, что вскоре станет матерью.
Среди новых знакомых госпожа Бовари также не видит никого, кто бы ее заинтересовал, она и ее муж вынуждены общаться с самовлюбленным аптекарем Оме, столь же тщеславным торговцем Лере и другими самыми заурядными людьми, на новом месте Эмма точно так же скучает и чувствует себя несчастной.
Однако некий совсем юный помощник нотариуса Леон Дюпюи, любитель чтения и рисования акварелью, все же отличается от прочих в окружении госпожи Бовари, более того, ему явно нравится Эмма. Оба охотно беседуют об отвлеченных вещах, таких, как поэзия или музыка и страдают от обыденности, среди которой они вынуждены существовать.
С рождением дочери, получившей имя Берта, жизнь госпожи Бовари фактически не меняется, для ухода за девочкой нанимают кормилицу. Эмма периодически бывает на вечеринках в доме аптекаря, где встречает Леона. Молодой человек не решается хотя бы намекнуть ей о своих чувствах, считая ее полностью добродетельной замужней дамой, не догадываясь о том, что и его возлюбленная мечтает о сближении.
Когда Леон отправляется в Париж, чтобы завершить образование, Эмма погружается в глубокую меланхолию. Для того чтобы немного поднять себе настроение женщина покупает в лавке торговца Лере различные наряды, незаметно для себя она оказывается должной этому человеку немалую сумму, о чем даже не подозревает ее супруг.
Шарль продолжает медицинскую практику, однажды к нему на прием приводит своего лакея один из окрестных помещиков по имени Родольф. Этот человек является опытным ловеласом, он без всяких усилий делает тоскующую Эмму своей любовницей. В душе госпожи Бовари вспыхивает настоящая страсть, ей кажется, что она наконец встретила того романтического героя, настоящего благородного рыцаря, о котором грезила с юношеских лет.
Однако сам Родольф очень быстро остывает к этой женщине, для него интрижка с Эммой с самого начала не имела особого значения, а вскоре он понимает, что слишком безрассудное поведение возлюбленной может негативно отразиться на его собственной репутации.
Глубоко огорченная явным охлаждением любовника Эмма пытается все же полюбить мужа, но Шарль не понимает ее порыва, чем еще сильнее ранит супругу. Именно в это время аптекарь Оме уговаривает лекаря Бовари сделать местному конюху недавно вошедшую в моду операцию. Эмма, вдохновленная успехом супруга, искренне говорит о том, что они будут счастливы вместе.
Но уже через несколько дней у больного начинается гангрена. Прибывший врач вынужден отрезать ногу конюха до колена, Шарль из-за этой неудачи погружается в полнейшее отчаяние, а его жена буквально сгорает от стыда за него. Эмма окончательно делает вывод о том, что супруг является полнейшим ничтожеством и абсолютной бездарностью, и в ее сердце Родольф снова оказывается на первом месте.
Женщина умоляет возлюбленного навсегда уехать с нею, Родольф не слишком охотно соглашается, но в последний момент все же отказывается от этого намерения. Любовник присылает Эмме прощальное письмо, в котором объявляет о своем отъезде и о том, что в дальнейшем не собирается иметь с нею никаких отношений.
Госпожа Бовари более месяца находится на грани жизни и смерти из-за воспаления мозга, муж отчаянно борется за ее спасение. Когда Эмме становится немного лучше, она проявляет такую абсолютную безучастность ко всему вокруг, что Шарль решает отвезти ее в театр. Опера производит на несчастную женщину глубокое впечатление, ей кажется, что она слышит историю собственных страданий и разочарований. В антракте она случайно встречает Леона, которого не видела уже около трех лет.
Между супругой Шарля Бовари и этим молодым человеком вспыхивает страстный роман, Эмма без всяких угрызений совести лжет мужу и не задумываясь тратит немалые деньги. В то время, когда госпожа Бовари наслаждается своим счастьем и властью над возлюбленным, лавочник Лере начинает требовать оплаты накопившихся долгов.
Бовари угрожает опись всего их имущества, Эмма бросается за помощью к любовнику, но Леон устраняется, его уже начинает пугать то, что женщина слишком часто появляется в его конторе. Госпожа Бовари просит податного инспектора и нотариуса хотя бы немного отсрочить платежи, но те остаются непреклонными.
В полном отчаянии Эмма обращается и к обеспеченному Родольфу, но и тот холодно отвечает бывшей возлюбленной, что не располагает столь крупными суммами и не может быть ей полезным в этой ситуации.
Госпожа Бовари чувствует, что просто теряет рассудок от безысходности. Женщина находит в аптеке мышьяк и поспешно принимает яд. Через несколько дней она умирает, испытав при агонии самые жестокие страдания. Шарль буквально убит горем от потери любимой жены, к тому же он узнает о своем окончательном разорении. Последним ударом для мужчины становится обнаружение писем, которые писали Эмме Леон и Родольф.
В течение некоторого времени Бовари бродит по саду, полностью опустившись и не переставая рыдать. Вскоре и его настигает смерть, а маленькая Берта сначала воспитывается у бабушки с отцовской стороны, но затем девочка остается совершенно одна, лишенная всяких средств к существованию.
Ей приходится приступить к работе на прядильной фабрике, тогда как Леон вскоре после кончины Эммы вступает в выгодный брак, торговец Лере открывает еще один магазин, а аптекарь Оме удостаивается солидной награды в виде ордена Почетного легиона.