Центральный персонаж романа Эмма Руо, дочь самого обыкновенного, хотя и зажиточного крестьянина, воспитана в монастыре как благородная девица и представляет себе будущую жизнь наполненной роскошью и изысканностью, что, по мнению девушки, ей непременно обеспечит супруг.
Однако реальность не совпадает с надеждами Эммы, ее отдают замуж за заурядного лекаря Шарля Бовари, который, хотя и страстно влюблен в молодую жену, но отнюдь не соответствует ее запросам и устремлениям.
Эмма очень быстро полностью разочаровывается в муже, ее раздражает и отсутствие в нем светского лоска, и его невысокие доходы, и даже старания Шарля ей угодить. Ей становится ясно, что он никак не сможет устроить ей того существования, о котором она мечтала, молодая женщина с грустью спрашивает себя, зачем же она выходила замуж за этого человека.
Далее у Эммы появляются любовники, сначала владелец поместья Родольф, затем юноша Леон, женщина пытается найти счастье хотя бы в их обществе. Однако и здесь мадам Бовари ожидают разочарования, для обоих она послужила лишь источником кратковременного удовольствия и развлечения, после непродолжительного романа мужчины с легкостью от нее отказываются.
Трагический финал Эммы, завершившей свой путь самоубийством, обусловлен тем, что она абсолютно не была готова к действительности, предпочитая существовать в мире, имевшемся в ее воображении.
Настоящая жизнь и простой человек рядом, не умеющий вести светские беседы и изящно одеваться, вызывают у нее отчаяние. Эмме кажется, что такое существование лишено всякого смысла, ни в чем из того, что ее окружает, она не может найти радости и морального удовлетворения.
В этом романе писатель показывает, насколько печальным может оказаться крушение иллюзий, полностью разрушившее и уничтожившее личность мадам Бовари.