18 столетие. В одном из трактиров, расположенных поблизости от Бристоля, появляется некий загадочный немолодой мужчина, представившийся окружающим под именем Билли Бонса. Он держится со всеми посетителями этого заведения грубо и высокомерно, но в то же время однозначно кого-то опасается и просит юного Джимми, сына хозяев трактира, присматривать, не увидит ли паренек где-нибудь в окрестностях моряка, одна нога у которого окажется деревянной.
Вскоре те, от кого Билли скрывается, действительно находят его, с ним встречается человек по кличке Черный Пес. Во время громкой ссоры между этими двумя незваный гость, получив ранение в плечо, вынужден исчезнуть, тогда как мистера Бонса от пережитого страха настигает апоплексический удар. Не в силах в течение нескольких дней выбраться из постели, Билли рассказывает Джиму о том, что ранее служил в качестве штурмана в команде знаменитого пирата Флинта, и бывшие товарищи, охотящиеся за сокровищами, спрятанными в его сундуке, могут прислать ему черную метку, то есть уведомление о неизбежной расправе.
Незрячий человек по имени Пью на самом деле приносит старому пирату роковой знак. Бонс пытается убежать, однако тут же умирает от разрыва сердца. Джимми и его мать ищут в его сундуке деньги, которые им остался должен покойный постоялец, юноша также обнаруживает и прячет некий пакет, хотя и не догадывается об его содержимом. Как только парень вместе с матерью оставляют дом, немедленно прибывают пираты, но за ними следуют королевские стражники, и морские разбойники вынуждены скрыться, оставшись ни с чем.
Джим передает пакет двум вполне приличным и уважаемым в обществе людям, аристократу мистеру Трелони и доктору Ливси. Эти мужчины понимают, что получили в свое распоряжение карту таинственного острова, где и располагаются сокровища легендарного Флинта. Два джентльмена принимают решение снарядить экспедицию для их поисков, юному Хокинсу также предложено плыть в неизвестные края в роли корабельного юнги, и паренек с восторгом соглашается. Когда Трелони покупает шхуну, предназначенную для дальнего плавания, и нанимает матросов, весь город узнает о целях намеченного путешествия из-за несдержанности легкомысленного сквайра.
Капитан по фамилии Смолетт, приглашенный владельцами шхуны, относится к своей новой команде с крайним недоверием, матросы отнюдь не кажутся ему порядочными и надежными. Почти всем дал рекомендацию одноногий Джон Сильвер, в прошлом также много лет прослуживший моряком и нанявшийся теперь на шхуну коком. Перед отплытием Джимми также встречает и Черного Пса, который тут же убегает при виде парня, а Ливси и Трелони не считают этот эпизод достойным внимания.
Все становится ясным уже при непосредственном приближении к желанному острову. Хокинс, скрывшись в старой бочке, случайно слышит беседу Сильвера с членами команды. Большинство из них оказываются опытными пиратами, в то время как кок является их лидером. Эта компания планирует найти сокровища, привезти их на корабль и немедленно уничтожить всех остальных пассажиров судна, не принадлежащих к их сообществу. Джимми тут же предупреждает товарищей, и они разрабатывают собственный план действий, не собираясь покорно превращаться в беззащитных жертв пиратов.
Когда шхуна наконец становится на якорь у нужного острова, на корабле явственно назревает бунт. Капитан позволяет Сильверу переговорить с командой, после чего матросам предлагается некоторое время провести на берегу. Кок и его сообщники спешат на шлюпках к земле, где они рассчитывают найти сокровища, на остров пробирается и Джимми. Парень встречает там некоего мистера Ганна, ранее также являвшегося пиратом, однако брошенного здесь экипажем его судна уже несколько лет назад. По его словам, именно он убедил других матросов приступить к поиску сокровищ, однако все усилия оказались безрезультатными.
Ганн также объясняет юноше, каким образом возможно отыскать имеющуюся у него лодку.
В то же время Смолетт, доктор, сквайр и один из матросов, решивший не примыкать к пиратам, убегают с корабля, захватив также некоторый запас провизии и вооружения. Они прячутся в срубе за частоколом, и к ним присоединяется и Хокинс, понявший по британскому флагу, что там находятся его друзья, именно от юноши все узнают о существовании Ганна.
Маленькая группа бесстрашно отбивает предпринятую пиратами атаку, после чего доктор собирается встретиться с обитателем острова. Джимми начинает действовать самостоятельно, он берет найденную лодку, отправляется на ней на корабль, на котором они и приплыли к этим берегам. Воспользовавшись тем, что на шхуне отсутствует всякая охрана, парень захватывает ее и направляет в тихую бухту, замеченную им прежде.
Но Хокинсу не удается встретить друзей, более того, он попадает в плен к пиратам, которые без колебаний готовы предать юношу смерти, предварительно подвергнув его жестоким пыткам. Однако неожиданно за Джима заступается Сильвер, главарь морских разбойников к этому времени уже отлично понимает, что удача однозначно не на стороне пиратов, теперь кок думает только о спасении собственной шкуры. При появлении доктора Ливси Джон передает ему островную карту, тогда как джентльмен обещает, что бывший сподвижник Флинта не будет повешен.
При прибытии пиратов на место, где, в соответствии с указаниями карты, и спрятаны несметные сокровища, они обнаруживают лишь совершенно пустую яму. Они приходят в ярость и уже готовы уничтожить как их главаря Сильвера, так и Джимми, но неожиданно звучат выстрелы. Двое из членов команды убиты, остальные тут же разбегаются. Хокинс и кок следуют вместе с доктором и Ганном в пещеру, где их уже ожидают капитан корабля и аристократ Трелони. Оказывается, что бывший матрос Флинта уже давно нашел все, что имелось на острове, и перенес в собственное, тщательно укрываемое жилище.
Сокровища быстро погружаются на корабль, который тут же отплывает домой, тогда как пираты вынуждены оставаться на острове. В одном из американских портов Джон Сильвер бесследно исчезает, взяв с собой некоторое количество монет, а все остальные благополучно прибывают на родину, в Англию, где каждому достается причитающаяся ему доля из богатств прославленного разбойника, имя которого в течение многих лет вызывало панический ужас даже у наиболее отважных моряков.